本实用新型提供一种屋顶种植系统，其中，从上至下依次包括排水结构、隔热结构和防水结构；所述隔热结构包括隔热层，所述隔热层与所述防水结构之间设置隔热下保护层；所述防水结构包括防水层，所述防水层与所述隔热结构之间设置有防水保护层；所述防水层包括第一防水层和第二防水层；所述第一防水层紧贴设置在所述第二防水层的上方。本实用新型对现有构造进行优化，能够充分提高防水层的作用，避免隔热层和防水层出现窜水现象或者渗漏现象，更加方便后期维修，并且提高了防水层的使用寿命。