本发明公开了一种多层复合防水透气面料及其制备方法，所述多层复合防水透气面料由内到外包括依次设置的亲肤层和防水透气层；所述亲肤层和防水透气层间设置填充料；所述填充料为三维网格椰子纤维；所述防水透气层包括抗菌透气透湿内层、防水表层以及连接防水表层和所述抗菌透气透湿内层的热熔胶层；所述防水表层外表面涂设有防水涂层。本发明采用多层材料复合结构，制备得到的面料具有优异的防水透气性能。