本发明涉及一种益生菌配方设计方法，其包括：S1、制备粪便发酵无菌液：取健康人的新鲜粪便，加生理盐水匀浆，经滤网过滤去除残渣后，得粪便样品；将粪便样品接种到培养基中发酵培养，得粪便发酵液；将粪便发酵液离心，去除菌泥，收集上清液，经微滤膜过滤去除上清液中的菌体，制得粪便发酵无菌液；S2、以粪便发酵无菌液模拟人体肠道环境，将益生菌以已知接种浓度接种到粪便发酵无菌液中，并待考察益生元，培养预定时间后统计乳益生菌的增殖情况，根据增殖情况选定益生元与益生菌组配。本发明实现益生菌与益生元组合配方的优化设计，使益生元能有效促进益生菌增殖，促进益生菌发挥其功能。本发明还及利用该方法进行调节肠道提高免疫的乳双歧杆菌BAL531的配方设计。