本实用新型公开了一种益生菌包埋结构，属于微生物包埋技术领域，包括益生菌核层，所述益生菌核层外侧包埋有缓冲层，所述缓冲层外侧包埋有寡糖层，所述寡糖层外侧包埋有第一保护层，所述第一保护层外侧包埋有第二保护层，所述第二保护层外表面包埋有扛胆汁脂物层，所述扛胆汁脂物层外侧设置有胶囊壳，本实用新型通过第一保护层、第二保护层、扛胆汁脂物层和胶囊壳之间的配合，能够有效的缓解人体胃酸以及胆汁对益生菌的干扰，从而保护了益生菌在人体肠道的流动，进一步便于益生菌进入到人体内部，防止益生菌在人体肠道内部因保护不完善而导致益生菌死亡，进而导致该益生菌无法达到事先预定效果的现象。