本发明公开了一种低表面能船舶底漆及其制备方法，通过自由基聚合反应制备了一种氟硅共聚物，随后将支链上含有端羟基的氟硅共聚物和具有六元噁嗪环结构的聚合物通锌离子形成螯合物以结合得到。本发明氟硅共聚物中支链上的硅烷基团经过复杂的水解缩合反应，能够形成稳定的网状结构，对腐蚀介质的吸收产生了障碍效应，含氟侧链由于较低的表面自由能，能够减少污物在涂层上的附着；六元噁嗪环结构的聚合物和氟硅共聚物以锌离子为螯合中心结合在一起，降低了固化所需要的温度，同时还能够延长腐蚀介质的扩散途径，进一步地提高了涂层的阻隔能力。