本发明公开了一种基于显微检测机台的多镜头联合标定方法，包括：由基准镜头对标定物拍照得到第一标定物图像；由标定镜头对标定物拍照得到第二标定物图像，根据两者图像在其对应的图像坐标系中的位置信息分别得到第一偏移坐标和第二偏移坐标；第二偏移坐标与第一偏移坐标的差值小于第一预设阈值时，输出标定镜头在世界坐标系中的标定坐标；根据基准坐标和标定坐标计算得到标定镜头相对于基准镜头在世界坐标系中的补偿值。其可以解决联合标定时难以实现标定物的多个特征被每个镜头同时获取，无法进行准确标定的问题。