本申请公开了一种聚醚酰亚胺复合薄膜，属于高分子薄膜领域，包括改性PEI层和聚醚酰亚胺层，聚醚酰亚胺层由纯聚醚酰亚胺树脂制成，改性PEI层由以下原料制成：聚醚酰亚胺树脂88~95%、中空玻璃微珠1~4%、耐磨助剂2~9%。本申请的制备方法为：将聚醚酰亚胺树脂、中空玻璃微珠、耐摩擦助剂和其它助剂搅拌混合，加热熔融，挤出，造粒，得到改性PEI粒子，再将改性PEI粒子加热熔融，得到改性PEI熔体；另取聚醚酰亚胺树脂加热熔融，得到PEI熔体；对改性PEI熔体和PEI熔体进行复合共挤，共挤后的熔体铸片，冷却定型，牵引，得到聚醚酰亚胺复合薄膜。本申请具有使聚醚酰亚胺具有优良的综合性能的效果。