本实用新型公开了一种生态厕所用的生物降解处理系统，包括本体，本体内的下端设置有导料箱，导料箱内设有导料机构，导料箱内设置有导料腔，导料腔内的上端一侧设有排放机构，导料箱的上端一侧设置有马桶，马桶内设置有排泄腔、储料腔，储料腔内的一侧上端设有开关机构，储料腔内的一侧下端设有搅拌机构。本实用新型能够形成一个生态厕所用的生物降解系统，对排泄物进行生物降解处理，将使用后的微生物自动更换，同时对使用后的微生物和生物降解处理后的排泄物输送到回收箱内进行集中回收，全程自动化处理，有效的省去了人工手动更换微生物的工序，降低了人工劳动量，从而可以提高生态厕所的便捷性。