本发明属于水性聚氨酯的制备技术领域，公开了一种含氟大豆油基水性聚氨酯的制备方法；具体是：使用三氟乙酸对环氧大豆油进行开环反应得到含氟大豆油基多元醇，然后将含氟大豆油基多元醇与二异氰酸酯、亲水单体反应生成含氟大豆油基聚氨酯预聚体，加入三乙胺与羧基中和，加去离子水乳化，再加乙二胺扩链，制得含氟大豆油基水性聚氨酯。本发明改良了现有技术，利用可再生资源大豆油多元醇来替代石油产品，提供了一种环保型含氟大豆油基水性聚氨酯的制备方法。