本发明公开了一种端环氧基水性聚氨酯树脂及其制备方法，所述树脂通过以下步骤制得：植物油多元醇、小分子多元醇、二异氰酸酯和亲水扩链剂在有机溶剂中，在催化剂作用下，加成反应得到端异氰酸酯聚氨酯预聚体；加入端羟基环氧化合物反应，得到端环氧基聚氨酯；再加入胺进行中和，滴加水进行相反转，保温，减压蒸馏除去有机溶剂，得到端环氧基水性聚氨酯树脂。所述树脂为水性涂料，没有挥发性有机物污染，环境友好；是由聚氨酯与环氧树脂化学方法结合制得，所述树脂不仅具有聚氨酯的柔韧性，还具有环氧树脂的刚性、粘结性的特点；采用植物油多元醇作原料，相比于传统的石油化工类二元醇产品做原料，具有价格低廉、环保、原料可再生等优点。