本发明公开了一种防渗色水性聚氨酯树脂及其制备方法和应用，属于水性涂料技术领域。所述防渗色水性聚氨酯树脂由包括以下重量份的原料组成：耐水解多元醇5‑30份，水溶性单体2‑12份，异氰酸酯单体5‑25份，功能单体3‑12份，扩链剂3‑10份，催化剂0.6‑5份，胺4‑7份，本发明的制备方法包括按照一定顺序加入原料反应。本发明的防渗色水性聚氨酯树脂通过耐水解多元醇和功能单体搭配，提高树脂的耐水解和耐溶剂效果，实现树脂稳定性和抗渗色综合性能的提升，可用于制备水性涂料，或应用于涂装工艺中。