本发明公开了一种环保型改性聚氨酯预聚体及其合成方法。该方法通过用聚醚多元醇与多异氰酸酯反应，得到传统的端异氰酸酯基聚氨酯预聚体，再通过有机硅氧烷改性端异氰酸酯基聚氨酯预聚体，合成端硅氧烷基聚氨酯预聚体，最后在反应体系内加入小分子物质，消除体系内残留的异氰酸酯，最终制得环保型改性聚氨酯预聚体。通过该方法所得到的有机硅氧烷改性聚氨酯预聚体，对环境和生产、使用者的健康无危害，是一款绿色环保型产品，可广泛应用于传统胶黏剂、密封胶、涂料、弹性体的生产等诸多领域，具有更环保、保存更稳定等优势。