本发明涉及一种海带配子体克隆常规培养过程中快速除菌方法，将附菌严重的配子体克隆团连同培养液倒入已消毒的容器中，然后将经过消毒的循环泵移入容器中，充气打散附菌克隆团，然后静置并换水将细菌分离除去。本发明方法最大特点是操作简便，快速高效；通过循环泵，一举两得，既除去细菌，又将克隆团打散，有利于配子体更快生长。