本发明公开了一种刚果红染色法，其步骤是：在羧甲基纤维素钠琼脂平板培养基上涂布接种细菌，将平板培养基放入恒温培养箱培养，长出形态清晰的单个菌落；根据菌落形态标记出目标菌落；在长出菌落的平板培养基上，用浓度为2～5mg/mL的刚果红溶液浸泡平板培养基，浸泡0.5～1分钟后去掉刚果红溶液；加入浓度为l mol/L的氯化钠溶液冲洗平板培养基1～3次，再用浓度为l mol/L的氯化钠溶液浸泡平板培养基3～5分钟，然后倒掉氯化钠溶液，产生纤维素酶的菌落周围将会出现淡黄色的透明圈。本发明染色和浸泡时间的缩短减少了菌落的弥散，降低了交叉污染的可能性，节省了时间。