本发明属于食品加工技术领域，尤其涉及一种深色酱油及其酿造方法。本发明的一个目的是提供一种用于深色酱油酿造的黑茶菌酱油种曲，该种曲具有较高蛋白酶、淀粉酶等酱油酿造活力。本发明的第二个目的是提供黑茶菌酱油种曲的制备方法。本发明的第三个目的是提供一种深色酱油的酿造方法，该方法利用黑茶菌制备酱油发酵种曲进行大豆原料酱油发酵生产，利用黑茶发酵菌的高色价聚酮色素进行着色，可在深色酱油酿造过程中人工减少着色剂的添加，缩短发酵时间，同时提高酱油的功能性。本发明的第四个目的是提供采用上述的方法酿造的深色酱油。