本发明公开了一种基于红曲黑曲米曲根霉的混合制曲生产玫瑰醋的方法，包括浸洗大米步骤，蒸米步骤，接种制曲步骤，发酵步骤，后熟步骤，压榨步骤；所述接种制曲步骤包括：选择红曲、黑曲、米曲、根霉纯种菌株作为发酵菌种，各发酵菌种均以1‰的比例接种于冷却后的相应的熟米中；所述发酵步骤包括：投料时红曲成曲、黑曲成曲、米曲成曲、根霉成曲按1:6:1:1比例混合。本发明的方法，不仅从实践中摸索出霉菌的种类，还用糖化‑酒精发酵‑醋酸发酵的动态平衡模型计算出各纯种的添加比例，省略了传统的发花步骤，解决了传统玫瑰醋生产中各缸成品之间质量差异的技术难题，还缩短了生产周期，有利于大规模工业化生产，提高玫瑰醋的生产效率。