本实用新型属于水处理技术领域，具体涉及一种具备高温全管路杀菌功能的净水系统及其高温杀菌方法。本实用新型旨在解决净水系统因长时间不使用造成的内部管路细菌过多、内部零件结垢不易清洗的问题。为此目的，本实用新型提供一种净水系统，该系统包括主管路和高温回流管路，主管路包括进水端和出水端以及依次设置在进水端和出水端之间的第一过滤模块、增压泵、第二过滤模块和加热模块，高温回流管路的第一端连接到加热模块的下游，其第二端连接到第二过滤模块的上游，高温回流管路与主管路的连接位置设置有分流阀，分流阀用于将加热模块输出的热水选择性地输送到出水端或高温回流管路。本实用新型能够起到对净水系统内部管路及净水系统部件消毒的作用。