本发明提供一种头皮微生态护理组合物及其制备方法和应用，涉及日化用品领域。本发明的头皮微生物生态护理组合物，包括以下重量份的组分：非离子表面活性剂0～12份，牛磺酸类表面活性剂3～10份，阳离子聚合物0.01～5份，调理剂0.01～10份，吡罗克酮乙醇胺盐0.1～1份。本发明的组合物有利于调节头皮微生物种群多样化，使头皮微生态达到有益的平衡，明显减少脱屑、头痒等头皮过敏的问题。