本发明的实施例提供一种船用伺服阀液压舵机的控制方法及系统，方法包括：获取船用伺服阀液压舵机产生的舵令；根据所述舵令，通过安排过渡过程，得到安排过渡过程的输出结果；根据所述输出结果，经过比例、积分和微分进行控制的PID控制器运算输出目标伺服阀开度角；根据所述目标伺服阀开度角，控制伺服阀开度。本发明的方案可以实现舵机平滑控制。