本发明提供了一种微生物技术领域，具体涉及一种微生物发酵过程中泡沫的处理方法，该处理方法是分两次在发酵体系中加入消泡剂，所述的消泡剂包括聚醚改性硅油、聚氧丙烯四元醇醚、十二烷基硫酸钠、海藻酸钠、山梨酸钾和去离子水。本发明通过对消泡剂中聚醚改性硅油和海藻酸钠的配比进行调整，明显提高了消泡和抑泡的效果。本发明提供的方法能够快速消除泡沫，抑泡效果显著，对微生物菌种无不良副作用，从而有效提高产物的产量和品质。