本发明公开了一种提高酱油2M3F含量的方法，包括以下步骤：（1）将黄豆、小麦混合制曲；（2）发酵：步骤（1）所得成曲中加入食盐水、半纤维素酶入罐发酵，得到发酵培养基；（3）发酵培养基中接入酵母种子液，持续发酵5～6个月，发酵完毕后压榨获得生酱油；（4）向酱油原液中加入甲硫氨酸和/或半胱氨酸，密闭控温灭菌，即得到酱油成油。该方法制备出的酱油中2‑甲基‑3‑呋喃硫醇含量显著高于现有酱油，肉香味更浓郁，品质优于传统发酵的酱油，本发明还公开该提高酱油2M3F含量的方法的用途。