本发明公开了一种贝莱斯芽孢杆菌及其在食醋酿造中的应用，菌株的名称为贝莱斯芽孢杆菌（Bacillus velezensis）QH‑20003，其保藏编号为：CGMCC No.21613，保藏日期2021年1月13日，保藏于中国普通微生物菌种保藏中心，保藏地址：北京市朝阳区北辰西路1号院3号中国科学院微生物研究所。本发明贝莱斯芽孢杆菌应用在窖醋酿造，能在酸性条件下生长代谢并产酶，具有产高活性耐酸性颗粒淀粉酶、普鲁兰酶和蛋白酶的能力，将其运用于窖醋酿造中，能够提高原料利用率，为食醋酿造行业提供了新的酶源及有益微生物发酵菌株，从而提升食醋产品质量，改善食醋风味。