本发明提出一种食用醋除菌装置及食用醋除菌方法，包括反应釜、冷凝装置和换热装置；反应釜的出料口通过混料管与换热装置的进料口相连通；冷凝装置的进料口连通反应釜的首端，冷凝装置的出料口连通混料管；反应釜、换热装置和混料管三者的连接端均设有电动阀门。本发明只通过蒸汽对反应釜进行加热，避免了导热油局部过热，管道内壁产生积碳和油泥的问题发生。利用醋酸冷凝回流装置，避免了因醋酸挥发导致的反应釜压力过大，而发生爆炸的风险，同时蒸发的醋酸也可以保证其洁净度，从而进一步进行收集。通过控温程序实现对反应釜内部温度精准控制，使杂菌从芽孢形态转变成正常生长形态，再通过高温进行高效杀灭。