本发明公开一种高地黄低聚糖的地黄饮料制备方法，包括以下步骤：将鲜地黄用清水洗净、磨碎，用离心机高速离心得地黄滤液和地黄渣，将滤液采用微滤、500D纳米滤膜的过滤液分离得到分离液A，未通过500纳米滤膜的浓浆加水、加果胶酶酶解、酶解后灭酶，采用高压射流进行处理，在采用植物乳杆菌进行发酵，得到发酵液B，将分离液A和发酵液B合并，罐装，杀菌后得到高地黄低聚糖的地黄饮料。本方法制备的地黄饮料，具有低聚糖含量高，酸甜可口，方法简单，易实现的特点。