本发明属于微生物发酵技术领域，尤其是一种好氧微生物发酵设备及其发酵方法，现提出以下方案，包括外箱体，外箱体的底部外壁设置有排液管，排液管的侧面外壁设置有排液阀，外箱体包括外壳、加热层和内胆，所述外箱体的侧面内壁通过轴承连接有中心杆，且外箱体的一侧外壁固定连接有与中心杆形成传动配合的驱动电机，中心杆的侧面外壁设置有六个环形均匀分布的载料机构，所述载料机构包括板架。本发明能使得载球上的微生物在无需进行分离操作情况下能重复进行发酵，同时能提高发酵的效率，能使得发酵产物快速融入到液体中，能使得加热层产生的热量快速进入到液体中，使得液体受热更加均匀，提高了发酵的效果。