本发明公开提高单CPU双AD采样系统可靠性继电保护启动方法，计算获得采样数据并判别该一路交流回路的主采AD采样通道和副采AD采样通道采样是否不一致，若不一致则进入步骤S5，若一致则进入步骤S6；步骤S5，闭锁采用该一路交流回路的继电保护功能，并发出相应的告警信号，结束运行；步骤S6，判别该一路交流回路的主采AD采样通道和副采AD采样通道启动是否满足预设条件，若都满足则进入步骤S7，否则结束运行；步骤S7，判定主采AD采样通道和副采AD采样通道的继电保护动作逻辑是否满足，若满足则继电保护装置动作。本发明用于解决单AD采样在运行过程中采样异常导致继电保护装置动作行为不正确的问题，提高继电保护装置运行的可靠性。