本公开提供一种三维存储器的制造方法，包括：在衬底的第一表面形成延伸至衬底中的沟道柱；其中，沿沟道柱的径向，沟道柱包括：导电的沟道层以及围绕所述沟道层的绝缘的功能层；从衬底的第二表面去除衬底，以显露沟道柱的第一端部；其中，第二表面为衬底的第一表面的相反面；去除第一端部显露的功能层，以显露沟道层；其中，显露的沟道层被氧化形成氧化子层；形成覆盖氧化子层的第一导电层；在形成第一导电层后，对氧化子层进行第一离子注入，以破坏氧化子层的连续性；在进行第一离子注入后，对第一导电层和所述氧化子层进行热处理，以使沟道层与所述第一导电层电连接。