本发明提供了一种双金属负载型分子筛催化剂及其制备方法和用途，所述分子筛催化剂包括活性组分和载体，所述活性组分包括贵金属和碱土金属，所述载体包括沸石分子筛；其中，所述活性组分中贵金属和碱土金属的质量比为（0.1～20）:1。本发明所述分子筛催化剂采用贵金属和碱土金属对分子筛进行双金属的负载，先采用晶化法原位合成贵金属负载的分子筛催化剂，再通过浸渍的方式负载碱土金属，使得金属组分能够更好的进入分子筛孔道中，减少活性金属的团聚，提高催化活性和使用寿命；所述分子筛催化剂以碱土金属代替部分贵金属，能够显著减少贵金属的用量，降低催化剂的生产成本，扩展其应用规模。