本发明提供了一种用于合成己二胺关键中间体的硅铝磷分子筛催化剂的制备方法及该催化剂的应用。该制备方法包括步骤S1，提供硅铝磷分子筛，硅铝磷分子筛中硅、铝和磷的摩尔比为1:0.01～1:0.1～2；步骤S2，将硅铝磷分子筛与粘结剂、水、胶溶剂进行混合成型、第二次干燥、第二次焙烧，得到用于合成己二胺关键中间体的硅铝磷分子筛催化剂。上述采用具有特定硅铝磷摩尔比的硅铝磷分子筛和对硅铝磷分子筛的成型处理，使得用于合成己二胺关键中间体的硅铝磷分子筛催化剂具有高活性和稳定性。