本发明公开了一种柑橘自动分瓣机构及其分瓣方法，包括第一刀组和第二刀组，所述第一刀组包括第一刀片和用于驱动第一刀片转动的第一电机，所述第一刀片包括第一刀身和设置在第一刀身边缘的第一切口，所述第一切口呈凸轮状并且其转动轴线偏心设置；所述第二刀组包括第二刀片和用于驱动第二刀片转动的第二电机，所述第二刀片包括第二刀身和设置在第二刀身边缘的第二切口，第一刀片和第二刀片同轴转动并且左右相邻设置，所述第二切口形状与第一切口形状相配合，当第一刀片和第二刀片交替转动时，第一切口和第二切口交替凸出形成用于切割橘瓣的切割位置。本方案能够将橘瓣一次性完全分割开，避免切破橘瓣造成囊衣残留，影响后续处理。