本实用新型提供一种隧道式微波杀菌设备。所述隧道式微波杀菌设备包括杀菌箱；微波腔，所述微波腔开设在所述杀菌箱上；处理腔，所述处理腔开设在所述杀菌箱上，且所述处理腔位于所述微波腔的下方；多个微波发生机构，所述微波发生机构设置在所述杀菌箱上；杀菌启停机构，所述杀菌启停机构设置在所述杀菌箱上；整理清洁机构，所述整理清洁机构设置在所述杀菌箱上。本实用新型提供的隧道式微波杀菌设备具有适用于多种食品杀菌、能够预防食品掉落、便于清洁箱体内部、能及时查看箱体内部情况的优点。