本发明提供了一种薏米黑豆发酵酱及其制备方法，制备方法包括以下步骤：分别将薏米和黑豆焙炒、粉碎过筛得薏米粉和黑豆粉；将薏米粉、黑豆粉与谷朊粉膨化处理，得到膨化原料；将米曲霉、红曲霉和谷氨酸棒状杆菌制成混合菌悬液；将膨化原料和混合菌悬液进行润水拌料，得混合料，将混合料通风制曲，得成曲；将成曲和盐水充分混合后保温发酵，发酵至第18‑22天时，向原料中加入鲁氏酵母和球拟酵母混合种子液，继续进行发酵，发酵至60‑90天后，得发酵酱。该薏米黑豆发酵酱可有效解决现有的薏米应用范围受限的问题，提供一种营养和功能价值具有优势的发酵酱，满足现代消费者对健康、营养、低盐的需求，拓宽薏米的应用。