本发明公开了一种黑番茄发酵酱及其制备方法，以药食同源的黑番茄为主要原料，辅以黑米和蓝莓，通过黑米浆糖化液化后提供的复合糖源发酵制得的醇类物质，使制得的黑番茄发酵酱不仅功能性物质含量远远高于传统番茄酱，而且其风味物质含量和种类更加丰富。