本发明公开了一种基于“药方式”的水体生态治理方法及系统，旨在使水体生态治理流程标准化，提高水体治理效率，提高处理方法的多环境适用性，其中本发明的水体生态治理方法包括以下步骤：采集典型水生生物对水体污染物水质指标去除率试验数据并建立生物“药”数据库；获取待治理水体的污染物水质指标数据；根据所述污染物水质指标数据以及治理目标确定超标水质指标类目，并对超标水质指标的污染程度进行排序；根据所述数据库为污染物水质指标配置生物“药”；根据所述排序的递减序列为超标水质指标对应的生物“药”设置使用优先级数，形成水体生态治理“药方”。本发明具有治理效率提高、设计流程标准化、可适用于多种污染环境的优点。