本发明涉及一种半导体器件的测量方法、装置及存储介质，半导体器件具有半导体结构，半导体结构中形成有多个开孔，且半导体结构包括衬底，多个开孔在垂直于衬底的方向上延伸，半导体器件的测量方法包括：利用扫描电镜对暴露于半导体结构表面的多个开孔进行扫描，得到平面多孔图；将平面多孔图与预设多孔排布图案相比较，以从平面多孔图中比对出至少一个目标开孔以及每一目标开孔所在的目标单孔区域；提取每一目标单孔区域中目标开孔的轮廓；根据各轮廓计算出各相对应目标开孔的尺寸，从而在测量三维存储器的沟道孔尺寸的过程中，能够避免扫描电镜图像中不同沟道孔所在的单孔图像区域在各灰阶值上的像素分布差异大而导致测量结果准确度低的问题。