本实用新型公开了一种负压输送分离辣椒籽系统，包括底座，所述底座的上端面上固定连接有四个呈相互对称设置的支撑杆，四个所述支撑杆远离底座的一端固定连接有工作管，所述工作管的一侧壁上固定连接有转动电机，所述转动电机上设有转动轴，所述转动轴远离转动电机的一端贯穿工作管设置，所述转动轴远离转动电机的一端固定连接有转动柱，所述转动柱上固定连接螺旋刮板，所述工作管远离转动电机的一侧内壁上设有圆槽，所述转动柱远离转动电机的一端转动连接在圆槽内设置，所述工作管远离底座的一侧壁上固定连接有分离管。本实用新型可以方便快捷的借助负压完成辣椒籽的分离工作，极大的方便了用户使用。