本发明属于发酵工程技术领域，具体为一种水溶性红曲黄色素的发酵调控方法，步骤如下：①将红曲霉菌种进行试管斜面活化扩大培养，再取孢子与菌丝体洗脱液接入一级种子培养基中，进行种子扩大培养，培养至对数生长期得种子液；②将步骤①的种子液按比例接入二级种子培养基，进行种子扩大培养，培养至对数生长期得二级种子液；③将步骤②所述的二级种子培养液按5‑20％的比例接入发酵培养基中发酵调控。在温度和pH两者有效的结合调控下，经好氧发酵，流加有利于形成产物的补料入发酵液中，得到高产水溶性黄色素。