本发明公开一种混合菌种分步发酵辣椒酱及其制备方法，属于食品生物技术领域。本发明通过原料预处理、好氧发酵、厌氧发酵和辣椒酱的调配处理，得到定型的辣椒酱产品。本发明采用地衣芽孢杆菌和鲁氏酵母菌进行辣椒酱的前期发酵，可以产生酱香型风味物质，相对于传统自然发酵的辣椒酱或单一乳酸菌发酵的辣椒酱，其产品更具有浓郁的酱香，风味令人喜爱。本发明采用乳酸菌进行辣椒酱的后期发酵，由于人工接种进行强化发酵，且控制酱料的盐度和蔗糖添加量，相对于辣椒酱的自然腌制，其发酵成功率和产品安全性更高，酸味更易于控制，使产品味感柔和、协调。本发明可缩短发酵型辣椒酱的生产周期，并有效提高发酵成功率、产品安全性和产品风味品质。