本实用新型公开了一种用于多层醋醅的灭菌取样器，包括取样结构和保护结构，所述取样结构包括：底座，所述底座上表面有环形螺纹凹槽和环形无螺纹凹槽；连接杆，所述连接杆由多根不同直径的表面带螺纹的中空短连接杆组成；多个取样室，所述取样室为漏斗状，且各取样室底部有大小不同的螺纹孔，所述取样室底部的螺纹孔与所述连接杆表面的螺纹相配合分别螺纹连接；所述保护结构包括保护罩、保护绳。本实用新型提供的取样器结构简单，使用方便，可通过收缩连接杆和保护罩到最小长度，将整个取样器进行灭菌，保证取样室的无菌状态，并且便于清洗和收纳；将灭好菌的取样结构与保护罩嵌合，密封性好，可取得更符合真实深度的醋醅样品。