本发明涉及一种用于水体净化与生态恢复的河道系统结构，所述河道系统结构包括沿河道水流方向自前向后依次设置在河床基底上的生态过滤堰坝单元、砾石石笼生态挡墙单元及河底生物栖息地单元，所述生态过滤堰坝单元包括拦截河道设置的坝体、填充在所述坝体内部的生态过滤层、设置在所述坝体上部的进水口、至少两个设置在所述坝体后下部的出水口，所述河底生物栖息地单元包括自下而上依次铺设的砾石‑建筑垃圾基底层、卵石‑改性底泥层以及种植土层，所述种植土层中种植有沉水植物。本发明的河道系统结构可有效去除河流来水中的颗粒物、大分子有机物、COD、BOD和N、P等污染物，并可恢复清淤河段的河流生态系统。