本发明涉及一种疏浚底泥就地处理系统及处理方法，包括上部的中空圆柱池体、与所述中空圆柱池体下部相连的碗形池体、设置在所述中空圆柱池体和碗形池体中心的实体圆柱，所述碗形池体自下而上依次设有布水排水层、第二净化层、第一净化层，所述布水排水层内设有排水管，所述中空圆柱池体内自下而上依次设有过滤层、污泥脱水网、底泥脱水单元，所述实体圆柱内设有通气竖管，所述第一净化层内设有至少两根与所述通气竖管相连通的通气横管。本发明能够降低疏浚底泥处理成本，避免底泥污染物造成二次污染，并有利于对底泥进行资源化利用。