本发明公开一种双工位自动折袋系统，包括主控系统；还包括传送机构，所述传送机构包括并列放置且留有间隙的两条传送带，所述传送带的端部连接步进电机；夹具机构，所述夹具机构包括位于间隙处的推板和距离传感器，还包括位于传送带上端的第一夹具和第二夹具，第一夹具和第二夹具端部还设置滑轨；第一纵向折叠机构，包括第一置物平台，以及位于第一置物平台两侧的第一左折弯片和第一右折弯片；所述第一置物平台上端还设置有第一压片，所述第一置物平台还设置有第一传送板，所述第一传送板连接有第一驱动电机。本发明采用双工位自动折叠系统，比单工位的折叠系统效率要高，大大提高了生产效率，且质量稳定，符合客户要求。