本发明公开了一种基于小麦加工废弃物麦胚资源化综合利用的具有抗氧化、抗疲劳、降低胆固醇活性、降血压等功能活性的小麦胚芽多肽，拓展麦胚在健康食品和功能性食品中的应用，在实现小麦加工废物高值化利用的基础上，满足人们对健康、营养、美味饮料的需求；本发明采用超声波辅助二步酶解和混菌发酵相结合的生产工艺，提高了小麦胚芽多肽的提取率、水解度产品及功能活性；通过微生物发酵作用，有效的去除了小麦胚芽多肽产品中的苦味物质，产品无苦味及其他异味，有发酵香味，具有较好的应用推广前景。