本发明提供一种压缩机及其运行控制方法和系统、存储介质，方法包括：实时获取电机在转子的第k个圆周周期内的n个样本数组，样本数组包括转子选定的运转角度以及电机在运转角度的电流值；依据拉格朗日插值法对n个样本数组进行拟合，从而得到电机的电流值在转子的第k个圆周周期内的拟合曲线Pk；控制电机在转子的第（k+1）个圆周周期内按照拟合曲线Pk运转；其中，k为大于或等于1的整数，n大于或等于4的整数。如此配置，通过拟合得到电机的拟合曲线可进一步得到压缩机的压力曲线，从而可以在第（k+1）个周期对电机的电流值预先进行控制，保证压缩机在吸气阶段和排气阶段的稳定运行，对压缩机在运行中产生的振动进行有效抑制。