本实用新型公开了一种食用菌根部高效切除装置，包括箱体、第一传送机构、第二传送机构和切除机构，箱体上设有进料口和出料口，第一传送机构设于箱体内并位于进料口处，第二传送机构设于箱体内并位于出料口处，切除机构设于箱体内，切除机构包括切根组件和用固定装置，固定装置设于第一传送机构的出料侧和第二传送机构的上料侧之间，切根组件设于箱体内并位于固定装置的侧方，第一传送机构将食用菌运输至固定装置上后，固定装置可将食用菌固定，从而避免在切除过程中食用菌晃动偏移而切除效果不佳，固定装置将食用菌固定后切根组件将菌根部切除，被处理过后的食用菌通过第二传送机构输出，从而实现全自动切除，无需人工进行操作。