液体菌种接种机运行过程中的间歇性消毒方法及采用该方法的接种机，涉及消毒方法。液体菌种接种机运行过程中的间歇性消毒方法，第一步，用无菌水冲洗；第二步，用无菌压缩空气吹干；第三步，用消毒剂消毒。本发明采用上述技术方案后，不仅能够有效避免现有技术中火焰对设备配件的损伤，而且该方法可在液体菌种接种机运行过程中间歇性的进行，能够有效控制因长时间的接种，造成空间游离微生物快速繁殖的情况，从而能够有效降低生产的污染率。