本发明提供一种凝结芽孢杆菌在食品热处理加工过程动态温度变化下活菌存活量的预测模型及其应用，所建立的模型可以依据凝结芽孢杆菌在不同介质中的初始浓度，及其在热灭活过程中的实时温度变化情况，预测出热灭活后介质中凝结芽孢杆菌的活菌数目。本发明提供的方法适用于凝结芽孢杆菌在任何食品加工的热灭活过程，为凝结芽孢杆菌在功能性食品加工过程中的稳定性评估提供快速简便的技术方法。本发明的方法无需使用传统的微生物检测手段，只需要知道功能性食品加工过程中的温度变化情况和所用时间，初始的凝结芽孢杆菌数便可以直接预测出功能性食品加工过程中的活菌数。