本发明提供了一种除去灵芝孢子油原料中有害物的方法，利用无害化生物吸附载体灵芝孢子油原料进行吸附预处理，避免因传统高温处理有害物造成灵芝孢子油有效成分损失；然后采用灭菌双层过滤技术使吸附有害物的吸附载体有效的与原料分离；不仅除去灵芝孢子油原料中有害物，还可降低原料中杂质含量以及提高有效成分总三萜的浓度。