本发明的目的是提供一种雨生红球藻细胞的保存方法，是将雨生红球藻在氮、磷元素的浓度比为20-30:1的培养液中行扩增培养；培养的温度12-20℃，且使光源发出的光通过厚度为0.05-0.12mm的红膜，光照强度为500-1500lx。本发明与现有技术相比，保存时间长，不容易老化，培养液中的营养细胞能够保持营养生长，培养至平台期最大密度时20-35天，平台期后，也能保持20-35天，进行下一步营养培养或转化，并且继续保持快速的生长状态，该方法简便易行，降低了保种的设施投入，降低了人工成本。