一种雨生红球藻藻种的培养方法，所述方法包括以下步骤：1)使用太阳能加热的方式，将雨生红球藻藻种的培养用水加热至60℃或以上；2)使用步骤1)得到的热水对雨生红球藻藻种培养装置涮洗；3)排出步骤2)涮洗后的水，在所述雨生红球藻藻种培养装置中再次注入步骤1)得到的热水，当水温自然冷却至28℃以下时，在藻种培养装置中配制培养基，接入雨生红球藻藻种开始藻种培养过程。本发明的发明人发现，使用太阳能产生的热水资源对雨生红球藻培养系统消毒，同时将冷却后的太阳能热水作为雨生红球藻藻种的培养用水，不仅可以满足雨生红球藻藻种培养系统的消毒要求，而且能够有效地控制生物污染对雨生红球藻藻种造成的不利影响。